はまるところ

他にハマる人いないかもしれませんが。

問題点

ec2-import-instanceコマンドを打っても、s3へのアップロードが始まらない。

原因

EC2-toolが古い（私の場合は、version 1.4.xでした）

対応策

EC2-toolを最新にする。
2014/4時点では、version1.6.xがありました。これを入れると、正しくS3へアップロードできました。

参考

http://www.totalsolution.biz/virutalbox_vmimport_ec2_instance/
http://docs.aws.amazon.com/AWSEC2/latest/CommandLineReference/set-up-ec2-cli-linux.html#setting_up_ec2_command_linux
http://docs.aws.amazon.com/AWSEC2/latest/UserGuide/importing-your-volumes-into-amazon-ebs.html